Cơ cấu tổ chức

Trường được tổ chức với mô hình ban giám hiệu điều hành và quản lý chung với Hiệu trưởng là thầy Nguyễn Hoàng Kim và Phó Hiệu trưởng là thầy Nguyễn Thế Hùng. Hệ thống giáo viên của trường được chia làm 8 tổ chuyên môn.[5]

Xét tuyển

Theo quy định của Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội thì trường Trung học phổ thông chuyên Nguyễn Huệ cùng trường Trung học phổ thông Chu Văn An, trường Trung học phổ thông chuyên Hà Nội – Amsterdam và trường Trung học phổ thông Sơn Tây là bốn trường trung học phổ thông có hệ thống lớp chuyên của Sở, vì vậy học sinh tốt nghiệp lớp 9 muốn vào học tại các trường này ngoài việc phải tham gia kì thi vào lớp 10 chung cho các trường trung học phổ thông chuyên và không chuyên trực thuộc Sở, còn phải tham gia kì thi chuyên chung của bốn trường. Tương tự như ba trường trường chuyên còn lại, trường Nguyễn Huệ cho thi 3 môn bắt buộc là Toán, Văn (hai môn thi dành cho tất cả thí sinh muốn thi vào khối trung học phổ thông công lập toàn thành phố) và môn Ngoại ngữ điều kiện (dành cho thí sinh muốn thi vào khối trung học phổ thông chuyên). Các thi sinh muốn được vào lớp chuyên sẽ phải thi thêm môn chuyên tương ứng. Học sinh có thể đăng ký thi các môn chuyên khác nhau của hai trường khác nhau với điều kiện các môn chuyên thi không trùng nhau. Điểm xét tuyển sẽ là tổng điểm ba môn Toán, Văn, Anh (mỗi môn lấy hệ số 1) cộng với điểm môn chuyên nhân đôi (hệ số 2), thí sinh lấy từ cao xuống thấp đến hết chỉ tiêu của lớp chuyên.[6]